降维聚类分群
提取指定单细胞亚群
运行monocle
判断拟时序分析推断好的发育轨迹
随着轨迹变化的基因获取
获取的基因的生物学功能数据库注释
还有四个步骤在这个文章里面并没有体现，这里略
拟时序分析是否可以对全部单细胞亚群呢？
在发育生物学有这样的操作，比如：
2019年的Nature文章”The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis”的使用Monocle鉴别出了数百种细胞类型和56条细胞发育轨迹，并定义了数千个相应的标记基因。
2019年的Science 文章 “A lineage-resolved molecular atlas of C. elegans embryogenesis at single-cell resolution”，确定了502种不同的末端和前末端细胞类型，这些细胞类型分别对应1068个细胞谱系分支。
如果你对单细胞数据分析还没有基础认知，可以看基础10讲：
01. 上游分析流程
02.课题多少个样品，测序数据量如何
03. 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要）
04. 过滤线粒体核糖体基因
05. 去除细胞效应和基因效应
06.单细胞转录组数据的降维聚类分群
07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释
08.把拿到的亚群进行更细致的分群
09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较